Apple除發表iTunes 9外，更一拼推出iPhone OS 3.1，可直接透過iTunes免費下載及更新，新增功能如下：

Genius推介應用程式
跟據你下載過的應用程式，取得令你合意的推介程式。

Genius組曲
連歌曲都不用點選，就可讓iTunes從你的資料庫中選取音樂，製成多達12套播放列表。

在iTunes整理應用程式
在iTunes把應用程式拖曳到虛擬主屏幕，把它們同步到iPhone。

iPhone OS 3.1更包含以下功能及更新：
* 改良音樂、影片、Podcast與照片的同步步驟
* iTunes U內容更整齊
* 在Apps Store顯示可用的iTunes帳戶
* 將郵件及MMS內的影片儲存到照片圖庫
* 開啟藍牙時，iPhone 3G Wi-Fi表現更佳
* 通過MobileMe遙距以密碼為鎖上iPhone
* 在iPhone 3GS用藍牙耳機執行語音控制指令
* 在數字鍵盤貼上電話號碼
* 可選擇以主屏幕鍵開啟iPhone 3GS的輔助使用功能
* 在 Safari 訪問欺詐網頁時發出警告 (反網釣)
* 改良與Exchange行事暦同步與處理邀請
* 解決部份應用程式圖示無法正常顯示的問題